多年之后，申时行辞职家居，追思往事，他既不埋怨皇上，也不指责自己他在著作中只是提到了年轻人不知世务，轻举妄动，以致弄得事情不可收拾他回忆起在他担任首辅八年半的时间中，曾经有过一个绝好的机会襄助皇帝成为尧舜之君此即1585年张居正一案落实之后、1586年初常洵尚未出生之前的几个月然而这机缘却又这样地短暂，他稍一忽视，就一去而不可再得
当时的万历皇帝真是精神焕发、励精图治；对申先生提出的要求也全力以赴，极为难得在我们形式化的政府中，表面即是实质皇帝既能热心参与各种典礼，就充分表示了他的诚意，足以策励臣工趋向勤俭笃实申时行只要闭起眼睛，就立刻会在记忆中浮起当年皇上步行祈雨的一幕情景这件事发生于1585年，岁次乙酉，即当日“万历之治”可能成为现实的短时间内
这次祈雨与往常不同在经过的仪式中，万历第一次也是最后一次向普天之下表示了他关心民瘼的诚意1584年入冬以来，北京一带就缺少雨雪次年春夏之间亢旱更甚，河流见底，井中无水可吸御前对此极为焦虑，在命令各个地方官求雨无效之后，他决定亲自向上天祈祷所采用的祈祷的仪式，一部分由礼都在档案中参考成例草拟，但具体细节却出于皇帝御制，比如要求全体人员徒步走赴天坛圆丘而置轿马于不用，就完全是他自己的主意
仪式举行的前三天，皇帝已经斋戒前一天，他又在宫中奉先殿默告祖宗，随后又面禀慈圣太后致上天的表文则亲笔称臣签上朱翊钧的名字，先一日送至南郊神库
阳历5月16日黎明，皇帝驾到皇极门，他的卫士和随从排开成为一个长方形的队伍此时礼官报告，各官在大明门整队已毕，皇帝就开始步行出发
北京的居民从来没有看到过这样庄严而朴素的仪式所有的人员，包括皇帝、文武百官和宦官，一律穿蓝色布袍，颈部和下缘以黑布镶边，平日的金银玉带此时全部不用而代之以牛角带旗帜和乐队也概行免去大街左边是两千名文官，右边是两千名武官，都列成单行两相对称，浩浩荡荡，和皇帝一起步行前往天坛
这些幸运的居民得到了一生中唯一的机会亲眼看到了当今天子祈雨的队伍经过大街，一切交通当然需要暂停但是天子平时出行时采取的“除道”措施，即要求全部店铺关门、行人敛迹的规定，这次却免予执行这也是皇恩浩荡，允许小民有一睹天颜的机会居民们所看到的万历皇帝是一个相貌端正的年轻人，脸圆须短，身材稍胖他以如此虔诚的姿态迈着稳重的步伐，使看到的人无不为之感动
对万历皇帝来说，这十里之遥的长途步行当然不是一件轻松的事情，因为这是他有生以来第一次的如此跋涉，而且当时的天气已愈来愈热
天坛圆丘在北京城南部，为今上的祖父嘉靖皇帝在1530年所建万历皇帝在这同心圆的最下一层石阶上跪下祈祷，上香之后，又向上天叩头4次文武百官列队站立在南墙之外，当皇帝跪拜时，赞礼官在昭亨门传赞，百官也依样跪拜如仪
行礼既毕，皇帝召集大学士、六部尚书和其他高级官员在左棂星门外所设的帐篷内发表训辞万历声称，天时亢旱固然是由于他本人缺乏德行，但同样也是贪官污吏克剥小民、上干天和的结果现在务必要改弦更张，斥退坏人，引用好人申时行即席代表全体官员致答辞，声称臣等奉职无状，以致天降亢旱皇上代表全体臣民祈祷，当然会上格天心如果还有官吏不能仰体皇上的诚意，臣等一定要严加申饬万历当即指示把这种要旨公之于天下1585年5月16日的敕文就体现了这个指示救文告诫贪赃枉法、酷害百姓的官吏必须痛加改悔，绝不能再把中枢的命令示为具文，如有违不奉行者，定当严惩不贷同时万历又命令户部在灾害严重的地区免征赋税一年
仪式结束，准备起驾回宫，宦官们让御轿抬到万历跟前，但他坚决不坐，仍和百官步行回宫这支队伍人数众多，起止需时，到达大明门已经是下午最炎热的时候队伍刚刚解散，兵部的一个主事就迫不及待地从袖子里抽出一把折扇使劲地挥动负责纠察的御史发现这一情状，认为其时虽然已经散队，但此人如此不能忍耐，仍然属于失仪为此这位主事被罚俸半年
申时行侍奉皇帝到皇极门，然后叩头退下临行时他向万历致以慰问，万历则答称