第一百零三章 问题可能出在样本采集时间上(1/2)
第二天一早,温楚莹拿着图表冲进会议室。
“教授、张老师、师姐,我发现问题可能出在样本采集时间上!”
她把图表摊在桌上,
“你们看,下午 2 点采集的样本,环境温度 2c左右,ct 值波动最小;
上午 10 点温度 - 2c,ct 值普遍偏高,而且波动大。
我怀疑低温会抑制耐药基因的表达,导致检测时扩增效率不稳定。”
张老师凑过来看,手指点在图表上:
“这个规律…… 有点像我之前看过的一篇文献,
里面提到极端环境微生物有‘温度适应性表达’特性,低于 0c时,耐药基因的启动子活性会下降 50%。
我当时觉得和咱们的样本关联不大,就没提。”
王教授的眼睛亮了:
“那咱们就做验证实验!今天分三个时间点采集:上午 10 点、下午 2 点、下午 4 点,
每个时间点采 3 份样本,统一在 4c条件下保存,然后同时检测,看数据差异。”
采集团队按照安排行动,下午五点,样本准时送到实验室。
温楚莹和李师姐立刻开始处理 —— 统一离心 10 分钟,加 5% 甘油保存,然后同时加载到三台 pcr 仪上。
等待结果的四十分钟里,没人说话,大家都盯着仪器屏幕,连王教授都时不时看一眼手表。
“出来了!” 李师姐先喊出声。
屏幕上,下午 2 点采集的样本 ct 值分别是 28.5、28.7、28.6,波动只有 0.1;
下午 4 点的是 29.2、29.4、29.3,波动 0.1;
而上午 10 点的是 32.1、32.5、32.3,波动 0.4,且整体 ct 值偏高。
“真的是采集时间的问题!” 张老师激动地拍了下桌子,“楚莹,你立大功了!”
可温楚莹却没立刻松气:
“但上午的样本 ct 值还是偏高,要是采集团队遇到特殊情况,只能上午采集怎么办?咱们得想办法让上午的样本也能稳定检测。”
王教授点头:“说得对。张老师,你查文献看看有没有能激活低温下耐药基因表达的试剂;
楚莹,你试试在样本处理时加入不同浓度的诱导剂,比如 iptg,看看能不能改善;
李黎,你负责优化样本保存的温度梯度。”
接下来的两天,团队又进入新的攻坚。
温楚莹测试了 0.1mmol\/l、0.2mmol\/l、0.3mmol\/l 三种浓度的 iptg,
结果 0.2mmol\/l 时,上午样本的 ct 值降到了 29.5 左右,波动 0.3,接近下午样本的水平。
可新的问题又出现了 —— 加入 iptg 后,样本的非特异性扩增增加,出现了杂峰。
“怎么办?杂峰要是不消除,会影响结果判断。” 李师姐看着屏幕上的杂峰,皱起眉。
温楚莹盯着杂峰的位置,突然想起在学校做竞赛时,林导师教过的 “引物特异性优化法”:
“咱们调整一下引物的退火温度,之前用的是 58c,试试 59c和 60c,看看杂峰会不会消失。”
她做了三个温度梯度的实验,当退火温度升到 59.5c时,杂峰果然消失了,ct 值稳定在 29.3±0.2。
“成功了!” 她忍不住欢呼,小初砚在意识里放起了虚拟烟花:“宿主太棒啦!终于解决了!”
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