第106章 验证可行(1/2)

小说都不敢写一个高中生能随手用上正版的gaussian。但对于身处顶尖竞赛中学、坐拥特殊教育资源的陈航来说,这却是他“曲线救国”计划中最坚实的一块跳板。

他现在要做的便是用这个强大的工具,验证自己那个想法是否有理论可行性。

第一步,建模。

他首先构建最简单的模型分子:苯基n-硝基胺(ph-nh-no?)。这是从苯胺衍生出来的最简单的n-硝基胺,也是他猜想中可能的中间体原型。

鼠标点击,苯环(六元环工具)率先出现。添加氨基(-nh?),再连接硝基(-no?)。一个略显古怪的分子出现在屏幕上:苯环连着“nh”,再拖着一个“no?”,像个小章鱼。但这只是初始的“连线图”,原子间键长、键角、二面角都是默认值,分子在真实空间中的最优几何构象需要通过计算优化出来。

陈航将分子文件保存为phnhno2.gjf,准备提交他的第一个gaussian计算任务。

这相当于给这个虚拟分子“捏骨正形”,找到它在现实中最可能存在的构象,并验证它是个真实的稳定点,而非过渡态或虚频点。

他在gaussview中设置计算类型:opt freq。

方法泛函选择:b3lyp。这是有机化学计算中最经典、最常用的杂化泛函之一,精度和速度平衡得很好。

基组选择:6-31g(d)。这也是处理有机分子的标准基组之一,对于初始探索足够了。

其他设置:默认。任务标题写上“ph-nh-no2 optimization and frequency”。

保存输入文件,通过校园网的计算作业管理系统提交。屏幕上弹出估算时间:约25分钟。

“还好,不算太久。”陈航松了口气,感觉像往虚拟反应釜里投下了第一份原料,然后开始等待“反应”完成。

等待的间隙,他也没闲着。拿出笔记本,开始规划后续的计算工作:

1.验证猜想基础:计算优化后的ph-nh-no?分子中,关键化学键(n-no?键,以及与芳环相连的c-n键)的键级、键长、电子密度分布。看看硝基的吸电子效应到底对c-n键削弱了多少。

2.探索互变异构:尝试寻找从ph-nh-no?到其重氮酸式互变异构体(ph-n=n-oh)的过渡态。计算这个质子迁移过程的能垒。

3.关键离去步骤:模拟互变异构体分解,n?o离去,生成芳基正离子的路径。计算这一步的热力学反应热和动力学能垒。

4.对比经典路径:作为参照,需要简单计算经典sandmeyer反应中,芳基重氮盐ph-n??分解或与cu?作用生成芳基自由基的关键步骤能垒。

5.亲核捕获:最后,计算生成的活性芳基物种与一个简单的亲核试剂,比如氯离子cl?,结合的反应能垒,完成整个理论计算目标。

思路清晰了,第一步的计算结果也差不多出来了。陈航刷新作业状态,显示pleted normally(正常完成)。他立刻下载结果文件,用gaussview打开。

首先检查优化后的几何结构。分子形状果然发生了变化,硝基的氧原子与氨基的氢原子之间,距离似乎比初始模型近了一些,这可能预示着分子内氢键或某种弱相互作用的趋势。键长数据被他调出:

n-no?键长:1.398 ?

芳环c-n键长:1.410 ?

(注:?是埃,10的负10次方米,数据不一定准确,轻喷)

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